Tác động như thế nào đến quá trình tổng hợp LPS của GNB để vật chủ dễ dàng nhận biết và loại bỏ LPS và GNB cũng là một biện pháp điều trị nội độc tố máu. Trong nội độc tố nội sinh, Escherichia coli (E.coli) có cấu trúc LPS điển hình, dễ thoát khỏi phản ứng thanh thải thực bào của vật chủ, thể hiện hoạt tính sinh học mạnh của nội độc tố và gây ra nhiều tác dụng độc. Do đó, trong nghiên cứu về nội độc tố, LPS của E. coli thường được sử dụng để đánh giá tác dụng sinh học của nội độc tố và đánh giá các biện pháp can thiệp khác nhau; Khi GNB ngoại sinh bị nhiễm, cấu trúc LPS của nó thiếu cấu trúc LPS điển hình và độc tính của nó tương đối thấp, dễ bị vật chủ loại bỏ.

Học giả người Đức Seydel et al. đặt các đại phân tử tổng hợp LPS trong nước muối sinh lý, sử dụng IL-6 do đại thực bào tiết ra làm chất chỉ thị và sử dụng công nghệ nhiễu xạ tia X bức xạ synchrotron để phân tích cấu trúc ba chiều của các LPS khác nhau. Người ta thấy rằng LPS với cấu trúc hình nón có độc tính sinh học mạnh, trong khi cấu trúc hóa học hình khối của cấu trúc hình trụ thiếu độc tính hoặc có độc tính thấp. Hexaacyl lipid A từ E.coli là cấu trúc lập phương ngược, trong khi pentadactyl lipid A và tetradecyl lipid A từ E.coli tạo thành cấu trúc đa lớp và có xu hướng có cấu trúc micellar nhẹ; Tuy nhiên, c.jejuni lipid A là một cấu trúc đơn lớp với một chút xu hướng phát triển thành cấu trúc hình lập phương ngược. Tất cả các lipid A khác đều tạo thành cấu trúc nhiều lớp mà không có ngoại lệ. Mỗi lipid A của vi khuẩn đường ruột hexadecyl có dạng hình nón hoặc lõm, lipid pentadactyl chủ yếu có dạng hình trụ và tetradecyl lipid A có dạng hình trụ và có xu hướng phát triển thành hình nón hoặc lồi (mặt cắt ngang của vùng kỵ nước nhỏ hơn một chút so với của vùng ưa nước).

Dữ liệu hiện tại cho thấy có một nguyên tắc chung đối với LPS trong nội độc tố. Chỉ có dạng vật lý hình nón hoặc lõm của lipid A mới có hoạt tính sinh học cao, chẳng hạn như E. coli trong ruột. LPS thiếu hoạt tính chủ vận và có liên quan đến hình trụ của lipid A. LPS thiếu nhóm acyl không có nghĩa là nó có thể được sử dụng làm chất đối kháng. Có thể là khi nội độc tố được hấp thụ vào các tế bào đơn nhân, đại thực bào, bạch cầu trung tính và tế bào đuôi gai, nó bị thủy phân bằng enzym bởi acyl carboxyl hydrolase (AOAH) để tạo ra deacyl lipid A, đồng thời nó thay đổi hình thái ba chiều của nó. Tại thời điểm này, nó không có tác dụng độc hại. Có thể thấy rằng sự hiện diện hay vắng mặt của các nhóm acyl trong LPS không có nghĩa là nó không độc hại. Nó là cần thiết để hiểu cấu trúc ba chiều của nó.

Tác dụng sinh học của nội độc tố và lượng điện tích âm của LPS, số lượng chuỗi acyl, sự phân bố của nhóm acyl, mức độ bão hòa axit béo của chuỗi acyl và sự thay đổi cấu trúc âm thanh đều ảnh hưởng đến hoạt động của nội độc tố. Kết luận này có thể tạo cơ sở lý thuyết cho việc thiết kế các chất tương tự LPS và làm cho chúng đối kháng với tác dụng của LPS độc hại.