Dung dịch trung tính lipopolysacarit có thể được bảo quản ở nhiệt độ phòng trong vài tháng và hoạt tính sinh học của nó không thay đổi đáng kể. Nếu nó được bảo quản ở 4 ℃ hoặc trong tủ lạnh ở nhiệt độ thấp, hoạt tính sinh học của nó có thể không thay đổi trong vài năm đến nhiều thập kỷ. Bột trung tính lipopolysacarit khô có thể được bảo quản ở nhiệt độ phòng hoặc tủ lạnh trong nhiều thập kỷ hoặc lâu hơn mà không làm mất hoạt tính sinh học của nó.

Khi lipopolysacarit được đặt trong dung dịch axit ở nhiệt độ phòng, các phân tử của nó bị phân hủy một phần. Sự thay đổi này chủ yếu liên quan đến sự phân cắt liên kết glycosid giữa polysaccharid và lipid A, và sự phân cắt liên kết lipid A1-glucoside. sưởi ấm có thể thúc đẩy phản ứng này. Dung dịch axit mạnh có thể phá hủy hoàn toàn lipopolysacarit trong điều kiện đun nóng.

Các yếu tố kiềm có ảnh hưởng lớn đến các phân tử lipopolysaccharid, chủ yếu đến các phân tử lipid A. Lúc này, liên kết este 4-photphat trên khung lipid A và liên kết este của axit béo ở vị trí 3 và 3 dễ bị phá hủy, có thể gây chia tách phân tử. Lúc này, các phân tử bị thoái hóa mất hoạt tính nội độc tố điển hình. Lipopolysacarit có thể bị phá hủy hoàn toàn trong điều kiện kiềm mạnh.