Một khi polymer kháng nguyên O được kết nối với lõi của lipid A, nó sẽ dừng phản ứng trùng hợp. Điều đó có nghĩa là, phản ứng kết nối có thể chấm dứt phản ứng trùng hợp. Cả lõi của lipid A và lipopolysaccharid với các đơn vị lặp lại có chiều dài khác nhau đều có thể được chuyển ra màng ngoài một cách hiệu quả. Do đó, kích thước phân tử của lipopolysacarit có thể được nhìn thấy bởi SDS-PAGE, nguyên nhân là do sự khác biệt trong hệ thống sinh tổng hợp chứ không phải là yếu tố của hệ thống đầu ra.

Sự phân bố chuỗi bên của kháng nguyên O ở các vi khuẩn khác nhau là khác nhau, một số chứa khoảng 20 đơn vị lặp lại và một số có thể chứa khoảng 100 đơn vị lặp lại. Trong điện di SDS-PAGE, sự khác biệt về cường độ nhuộm bạc của các phân tử khác nhau của các loài vi khuẩn khác nhau được phản ánh. Lý do cho sự phân bố khác nhau về độ dài chuỗi bên của kháng nguyên O ở các vi khuẩn khác nhau có thể là do có một yếu tố lựa chọn kích thước trong quá trình kháng nguyên O đa ngưng tụ hoặc phản ứng kết nối. Wzz (tức là Rol hoặc Cld) là một protein quan trọng điều chỉnh sự phân bố độ dài chuỗi bên ở vi khuẩn tổng hợp kháng nguyên thông qua con đường phụ thuộc Wzy, nhưng cơ chế cụ thể của nó vẫn chưa rõ ràng.